Cesta Jana Nepomuckého mezi světce a patrony země české
Pro vznik svatojánského kultu bylo zásadní přenesení těla Jana z Pomuka z kostela sv. Kříže při klášteře cyriaků (dnes zde stojí hotel Intercontinental), kde bylo uloženo po vytažení z Vltavy, do katedrály sv. Víta v Praze. Zde došlo k jeho uložení do hrobu, který se nachází před vstupem do kaple sv. Erharda a Otýlie. Právě ve funkci oltářníka této kaple započal Johánek svou církevní kariéru. K uložení Janových ostatků ve svatovítské katedrále došlo mezi lety 1396-1416. V roce 1480 inventář svatovítského pokladu zaznamenává votivní dar ke cti „blahoslaveného Jana z Pomuka“, což je nepochybný důkaz toho, že se Johánek už tehdy začal stávat cílem prosebných modliteb zbožných katolíků.
Jana Nepomuckého poprvé zařadil mezi české zemské patrony Jiří Barthold Pontanus z Breitenberka (1550-1641) ve své knize Duchovní obveselení Koruny české, která byla česky vydána roku 1599. Nazývá ho zde Janem Zpovědníkem. V roce 1630 je řezbářem Kašparem Bechtelerem dokonce zpodobněn na reliéfu vstupních dveří katedrály sv. Víta společně s českými světci. Nedlouho před tím se však v katedrále děly jiné věci. V rámci kalvínského „očisťování“ svatovítského chrámu v prosinci 1619 za vlády zimního krále Fridricha Falckého, byl mimo jiné poničen i hrob Jana z Pomuka. O trestání hanobitelů Janova hrobu barvitě vypráví křižovník Jan František Beckovský (1658-1722) v díle Poselkyně starých příběhů českých. Bůh na rouhače seslal ochrnutí, nebo rovnou smrt.
Výrazným příspěvkem ke snaze zařadit Jana mezi svaté katolické církve byla svatojánská legenda, kterou napsal renomovaný Bohuslav Balbín (1621-1688). V roce 1680 vyšla v prestižní edici Acta sanctorum a stala se klíčovým podkladem pro pozdější beatifikační a kanonizační procesy. Mužem, jenž si dal přímo za životní poslání snahu o blahoslavení a svatořečení Jana z Pomuka, byl pražský arcibiskup Ferdinand Khünburg (1651-1731). Od svého jmenování do funkce v roce 1714 na tom usilovně pracoval.
Snaha arcibiskupa a jeho nejbližších se zhmotnila velmi rychle, již roku 1715 Khünbug zahájil beatifikační proces. Jeho povinnou součástí byla exhumace Janova těla. K ní se přistoupilo 15. dubna 1719. Během ohledání došlo k neuvěřitelnému objevu – z Janovy lebky vypadl světcův neporušený jazyk! Všichni přítomní, vysocí představitelé církve i přední lékařští experti, se shodli na tom, že se jedná o znamení přímo od Boha, které potvrzuje hájení zpovědního tajemství jako příčinu smrti doktora Johánka. I na základě tohoto nálezu nebylo pochyb o brzké beatifikaci Jana Nepomuckého. Tak se také stalo, 31. května 1721 papež Inocenc XIII. prohlásil Jana Nepomuckého za blahoslaveného, 4. července se konaly velkolepé oslavy beatifikace v Praze.
Hned následujícího roku povolil papež zahájit v Praze kanonizační proces. K jeho úspěšnému vyvrcholení bylo však za potřebí uznat zázraky, vykonané na přímluvu Jana Nepomuckého. Zde byl zásadním momentem zázračně objevený světcův jazyk. K jeho opětovnému ohledání arcibiskupskou komisí došlo 27. ledna 1725. Světící biskup Mayer jazyk ve zbožné úctě políbil a v tu chvíli došlo k dalšímu zázraku. Jazyk začal měnit barvu na jasně šarlatovou a viditelně naběhl. Mimochodem, od té doby až do roku 1866 směli věřící Nepomukův jazyk líbat, jezuita Jan Křtitel Votka odhadl, že do té doby dostal jazyk 6 850 000 polibků! V 70. letech 20. století tým kolem profesora Emanuela Vlčka (1925-2006) odhalil, že se ve skutečnosti nejedná o jazyk, ale o mozkovou tkáň. Je však potřeba zdůraznit čisté úmysly předních mužů své doby, tehdejší vědecký výzkum neumožnoval dojít k závěrům Vlčkova týmu. Navíc i zachování mozkové tkáně lze považovat za pozoruhodný úkaz.
Dalšími uznanými zázraky byly zázračné uzdravení ochrnulé ruky Terezie Veroniky Krebsové, ke kterému došlo v roce 1701, a zachránění malé Rozálie Hodánkové před utopením v řece Otavě v roce 1718. Terezie Krebsová se za své uzdravení vroucně modlila k Janu Nepomuckému, šestileté Rozárce se Nepomuk dokonce zjevil pod hladinou řeky a ujistil ji, že nezemře.
Kanonizaci tak nic zásadního nestálo v cestě, byť kardinál Prospero Lambertini, pozdější papež Benedikt XIV., v úloze „ďáblova advokáta“ na svou dobu až vizionářsky rozbíjel argumenty pro Nepomukovo svatořečení. Dne 19. března 1729 papež Benedikt XIII. prohlásil blahoslaveného Jana Nepomuckého za svatého. V týdnu mezi 9. až 16. říjnem 1729 zažila Praha velkolepé oslavy nového světce a českého zemského patrona, kterých se zúčastnili lidé ze všech koutů nejen habsburské monarchie. Tak ohromující oslavy české země nikdy předtím (ani potom) nezažily. Dechberoucí podívaná, útočící na všechny lidské smysly, byla pravým vyvrcholením epochy českého baroka, která si rozhodně nezaslouží název „doba Temna“.